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分子蒸馏仪有多种分类方式，以下是几种常见的类型：
按结构设计分类：
降膜式分子蒸馏装置：主体为垂直放置的圆柱形蒸发筒，内壁为蒸发面，顶部设有进料分布器，底部连接重组分收集口；冷凝面通常位于蒸发筒中心（呈柱状），与蒸发面保持固定间距（一般2~5cm）。适用于低粘度、流动性好的物料，适合处理量较大但分离要求不高的场景，但对热敏性物料的适用性有限。
刮膜式分子蒸馏装置：我国在80年代末才开展刮膜式分子蒸馏装置和工艺应用研究。该装置形成的液膜薄，分离效率高，但较降膜式结构复杂。它采取重力使蒸发面上的物料变为液膜降下的方式，但为了使蒸发面上的液膜厚度小且分布均匀，在蒸馏器中设置了一硬碳或聚四氟乙烯制的转动刮板。适用于中高粘度物料，对分离精度要求较高的场景。
离心式分子蒸馏装置：主体为高速旋转的锥形或碟形蒸发盘（转速可达1000~5000r/min），蒸发面即蒸发盘的外表面；冷凝面通常位于蒸发盘内侧或周围，与蒸发面的间距可通过离心力调节。适合高纯度、高附加值产物的提纯。
按应用领域分类：
短程分子蒸馏仪：主要用于分离高沸点物质。
长程分子蒸馏仪：适用于分离高粘度物质。
薄膜分子蒸馏仪：专门用于分离热敏性物质
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